この現象はDebian GNU/Linux 3.1で発生していたのですが…、『具体的に「クロックがおかしくなる」ってどーゆー事よ？』というと、

• 時刻がおかしくなる。具体的には、秒単位で時間が前後する（秒部分が34→35→33→34→33→35→37→36→38という感じの動きをする）



• キーボードがチャタリングを起こしたような現象が発生する。「sudo」と打ち込んだつもりが「ssssssssssssssssuddddddddddddoooooooooooo」とか。Backspaceで戻ろうにもそのBackspaceすら行き過ぎて余計に削除したりする。

という感じです。実はこの現象、CPUをAthlon64からAthlon64 X2に変更した後に発生したため、明らかに原因はCPUなのですが、さりとてAMD64版のDebianが入る訳でもなく(VirtualPCがエミュレートするのはあくまでx86みたい)、Cool'n'Quietが原因かと思ってBIOSでDisableにするも効果なし…という状況で、半ば放置していた物でした。
でまぁ、プロセッサドライバを更新してみるか…と今日たまたまAMDのサイトを覗くと、プロセッサドライバのほかにDual-Core Optimizerなるものが。物は試しと(プロセッサドライバと一緒に)インストールしてみると、無事問題解決と相成りました。ちなみに今もCool'n'Quietは無効にしてあります。

ただなー。この現象自体が今までずっと出たり出なかったり、という状況だったので、もしかするとこれで直ったのも一時的な物かもしれないんだよなー…。まぁとりあえず、同じ状況で悩まれている人はためしにインストールしてみるのもどうでしょう、と。